از جله فعالیتهای علمی امام محمد باقر علیه السلام مبارزه با اسرائیلیات بود

از جمله گروههایی که آن روزها در جامعه اسلامی حضور داشتند و تأثیر عمیقی در فرهنگ آن روزگار بر جا گذاشتند، یهودیان بودند. شماری از عالمان یهود که به ظاهر مسلمان شده و گروهی دیگر که هنوز به دین خود باقی مانده بودند در جامعه اسلامی پراکنده شده بودند و مرجعیت علمی قشری از ساده‌لوحان را به عهده داشتند.

مبارزه با یهود و القائات سوء آنها در فرهنگ اسلامی، و تکذیب احادیث دروغین و ساخته و پرداخته یهودیان در مورد انبیای الهی و مطالبی که باعث خدشه‌دار شدن چهره واقعی پیامبران خدا می‌شد، در برخورد امام به خوبی دیده می‌شود. در این جا به نمونه‌ای از آن اشاره می‌کنیم:

زراره بن اعین نقل می‌کند: در خدمت امام باقر(ع) نشسته بودم و امام در حالی که در مقابل کعبه نشسته بود فرمود: نگاه کردن به خانه خدا عبادت است. در همان حال شخصی که عاصم بن عمر نام داشت، نزد امام آمد و گفت: کعب الاحبار می‌گوید: انّ الکعبه تَسْجُدُ لبیت المقدس فی کلِّ غداة؛ کعبه هر صبحگاهان برابر بیت المقدس سجده می‌کند.

امام فرمود: نظر تو در مورد سخن کعب الاحبار چیست؟
آن مرد گفت: سخن کعب صحیح است.

امام باقر(ع) فرمود: کَذبتَ و کَذبَ کعب الأحبار معک. تو و کعب الاحبار هر دو دروغ می‌گویید. آن‌گاه در حالی که به شدّت ناراحت بود فرمود: خداوند بقعه‌ای محبوب‌تر از کعبه روی زمین نیافریده است.

مجلسی، بحار الانوار، ج۴۶، ص۳۵۴.